Em meados do século X, à época do repovoamento da região de Guimarães pelo conde Hermenegildo Gonçalves e sua esposa Mumadona Dias, os domínios do Castelo de Bragança tinham como senhor um irmão de Ermenegildo, o conde Paio Gonçalves. Posteriormente, o senhorio passou para a posse de um ramo da família Mendes, encontrando-se, conforme mencionado em documento datado 7 de Julho de 1128, no domínio de Fernão Mendes, cunhado de D. Afonso Henriques (1112-1185).
Considera-se que, nesse período, por razões de defesa, a povoação tivesse sido transferida para o actual sítio, no outeiro da Benquerença, à margem do rio Fervença, reaproveitando-se os materiais na construção das novas residências e de um castelo para a defesa das gentes. As informações, mais seguras, entretanto, referem que, pela importância de sua posição estratégica sobre a raia com a Galiza, em 1187 recebeu Carta de Foral de D. Sancho I (1185-1211). Este soberano dotou, à época, a povoação com a primeira cerca amuralhada (Março de 1188). Os conflitos entre este soberano e o rei D. Afonso IX de Leão levaram a que esta região fosse invadida pelas forças leonesas (1199) até à reacção do soberano português.
Sob o reinado de D. Dinis (1279-1325), determinou-se erguer um segundo perímetro amuralhado (1293), o que indica a prosperidade do povoado. O seu sucessor, D. Afonso IV (1325-1357), ao subir ao trono, confiscou os bens de seu irmão ilegítimo, D. Afonso Sanches, que então residia na vila de Albuquerque. Defendendo os seus interesses, D. Afonso Sanches declarou guerra ao soberano e invadiu Portugal pela fronteira de Bragança, matando gentes, saqueando bens e destruindo propriedades. A paz seria acordada, com dificuldade, pela viúva de D. Dinis, a Rainha Santa Isabel.
Posteriormente, já sob o reinado de D. Fernando (1367-1383), recebeu obras de beneficiação. Nesta fase, tendo este soberano se envolvido na disputa sucessória de Castela, Bragança foi cercada e conquistada pelas tropas castelhanas, retornando à posse portuguesa apenas mediante a assinatura do Tratado de Alcoutim (1371). Na crise de 1383-1385, aberta pela sucessão deste soberano, a lealdade do alcaide de Bragança, João Afonso Pimentel, oscilou entre Portugal e Castela: partidário da herdeira D. Beatriz e de seu esposo João I de Castela, apenas por diligências do Condestável D. Nuno Álvares Pereira, em 1386, veio a reconhecer a soberania de D. João I (1385-1433).
Porém, em 1398, tendo o novo soberano deixado impune o assassino de sua filha D. Brites, o alcaide de Évora, Martim Afonso de Melo, como represália retornou ao partido de Castela, para onde emigrou, fazendo-lhe menagem da sua povoação e castelo, que só retornariam à posse portuguesa, agora pelo Tratado de Segóvia (1400). D. João procedeu-lhe, a partir de 1409, à modernização e reforço das defesas, obras inscritas na tarefa maior que se impôs, de reforço daquela fronteira.
O casamento de D. Afonso (1° Conde de Bragança), filho bastardo de D. João I, com D. Beatriz, filha de D. Nuno Álvares Pereira, inaugurou a Casa de Bragança. Data desse período a construção da imponente torre de menagem, estando as obras concluídas por volta de 1439, no reinado de seu sucessor, D. Duarte (1433-1438). D. Afonso V (1438-1481) elevou a vila de Bragança à condição de cidade (1466). Sob o reinado de D. Manuel I (1495-1521), a povoação e seu castelo encontram-se figurados por Duarte de Armas (Livro das Fortalezas, c. 1509).
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